De P.J.B., kent de volgende organisatiestructuur:
De vereniging bestaat uit een (hoofd) bestuur en daaronder verschillende sub commissies voor diverse activiteiten binnen de P.J.B.
De sub commissies hebben een redelijke mate van zelfstandigheid, hebben een eigen bestuur en brengen met de jaarvergadering/ledenvergadering van de P.J.B. verslag uit over het afgelopen jaar. Een verenigingsjaar van de P.J.B. loopt ongeveer gelijk met een schooljaar, dus van september tot juli, het boekjaar loopt van 1 januari tot 31 december.
De sub commissies zijn samengesteld uit één of meerdere leden uit het P.J.B. bestuur, aangevuld met enkele P.J.B. leden. Doordat er ook P.J.B. Bestuursleden in de subcommissies zitten is het mogelijk ook gedurende het jaar op de hoogte te blijven van eventuele ontwikkelingen binnen deze commissies.